1965 júniusában alapították, az Alex Meraklidis elnök által egybeolvasztott klubok, a Nikea Sport Union és az Aris által.

1989-ben, amikor feljutott a csapat az élvonalba, Mr. Nikos Kanellakis befektetett a klubba, és ő lett az új elnök.

Az 1998-99-es szezonban az Ionikos Nikea részt vett az UEFA Kupa sorozatban, majd egy évvel később döntős volt a görög kupában, ám végül „csak” a második helyen végzett.

Több évig szerepeltek az élvonalban, viszont a 2006-07-es idényben kiestek. Egy évvel később nem sok hiányzott a feljutáshoz, ám elmúlt szezont végül 54 ponttal az 5. helyen zárta a csapat.

Klubfilozófia: Becsüld a sport ideáljait, add meg a tiszteletet az ellenfeleknek és a versenynek!